CROM-MASS cuenta con una infraestructura analítica instrumental de alta tecnología, moderna y muy completa:

Doce cromatógrafos de gases dotados con diversos sistemas de detección, de conductividad térmica (1), ionización en llama (4), captura de electrones (4),  selectivo de nitrógeno-fósforo (1) y fotométrico de llama (1),  sistemas de inyección de muestras multimodales PTV, split/splitless y on-column; cromatografía bidimensional (tecnología de microfluidos), cromatografía quiral y cromatografía total (GCxGC).

Tres equipos de cromatografía líquida con sistemas de detección de arreglo de diodos, fluorescencia y de dispersión de luz por evaporación.

Dispositivos auxiliares como muestreadores de espacio de cabeza y de purga y trampa. CROM-MASS cuenta con ocho espectrómetros de masas de baja y alta resolución, entre ellos, cuatro cuadrupolos (Q), un sistema tándem de triple cuadrupolo (QQQ), cuatro espectrómetros de masas de alta resolución (dos TOF,  y dos Orbitrap).